隕石とともに飛来した「ファントム」と呼ばれる地球外生命体が次々と都市を破壊。
人間が住めるエリアはごくわずかとなり、人々はファントムの脅威にさらされて暮らしている。

ハイン将軍率いる政府軍は、武力で地球を守ろうとしていた。

しかし、絶滅の危機に瀕した地球を救う方法を模索している科学者アキは、武力によって人類が救われるとはどうしても思えない。対ファントム・ソルジャーである「ディープ・アイズ」のメンバーたちと行動をともにしながらも、ファントムを全滅させれば人類が生き残ることができるとは信じられなかった。

彼女は繰り返し、不思議な夢を見ていたのだ。

どこかわからない惑星。
そこにいる人間は彼女一人だけで、なぜかファントム同士が闘っている。
しかしある時彼らは突然、恐怖に凍りついて立ちすくむ。
"何か"が遠くからやってくることに気づいて…。

しかしその正体が何なのかアキには見えない。あまりにもリアルなこの幻視(ヴィジョン)は警告なのか、それとも予言なのか。いったい何を自分に告げようとしているのか――。

アキと彼女の師である偉大な科学者シドは、強力な武器でファントム一掃を目論むハイン将軍と対立する。
そんなアキを心配するかつての恋人グレイ。ディープ・アイズの一員であるグレイは、軍の方針に背いて彼女を守ろうとする。

そんなグレイへの思いに揺れながら、アキは人類が生き残る方法を探して奔走する。そして次第に気づいていく。本当のたたかいとは、命あるものすべてをいつくしむことなのではないか。たとえそれが敵であったとしても…。

やがて、人類の存亡がかかった恐るべき事態が起こる。

愛し、許し、癒すことで未来へと命をつないでいこうとする意志を、アキは貫くことができるのか。
地球にとって、人類にとっての最終局面が、ついにやってこようとしていた・・・！