あらすじ

世間にはまったく知らされていないものの、宇宙から地球へのエイリアン移住が始まってすでに35年。
現在、地球には1500種類以上ものエイリアンが生活しており、これを一括管理しているのが、最高機密機関“MIB”だ。

5年前、入局早々に地球の危機を救ったJも、いまやトップ・エージェントの仲間入り。
だが、当時の相棒Kが引退してからというもの、バッチリ気の合う相手が見つからない。
K以上の相棒を求めるばかりにどんなエージェントと組んでも物足りないJに、新相棒登場。
なんとパグ犬エイリアンのフランク＝エージェントＦだ。

「なんてこったい」
頭を抱えるJ。

とはいえ仕事は待ったなし。さっそく新たな事件が起こった。
善良なザルタン星人が何者かに殺されたのだ。犯人はセクシー・ランジェリーのモデルに化けたエイリアン、サーリーナ。彼女は地球に隠された“ライト・オフ・ザルタ”という物体を狙って地球に密入星（？）したのだ。
“ライト・オフ・ザルタ”。それは、惑星のひとつやふたつ簡単に消滅させてしまうほどの強大なパワーを秘めたザルタン星の宝。25年前の惑星間戦争の際、地球に亡命したザルタン星の皇女ロラーナがMIBのエージェントに託したものだった。
事件解決の鍵は“ライト・オフ・ザルタ”が握っている。

だが、その“ライト・オフ・ザルタ”、在処を知っているエージェントは引退して記憶を消されたKだった！

普通のおじさんに戻ったKは、とある町の郵便局長。
この地球上にエイリアンが暮らしているなどとは夢にも思っていない一般ピープルだ。
そんなKだから、い<らJが説明しても、自分がＭＩＢエージェントだったことを思い出せない。
何とかKに記憶を取り戻して欲しいJ、エイリアンの武器商人が隠し持っていた記憶再生装置にKを無理やり座らせる。

やがて手繰り寄せられる記憶の糸。

次第に記偉を取り戻したKは、“ライト・オブ・ザルタ”の秘密がJが密かに想いを寄せる女性、ローラのブレスレットに隠されていることを思い出す。あわててローラを探す2人だったが、時すでに遅し！Ｆになりすましてローラの居場所を聞き出したサーリーナが、ローラをさらった後だった。サーリーナが宇宙へ逃亡する前にローラを奪回しなければザルタンは滅亡、地球だって他人事じゃない!

「こうなりゃ最後の手段。やっぱり俺たちはこれで行こう！」と銃を手にしたJとK。
5年間のブランクもなんのその、宇宙最強のタッグを再結成してサーリーナ一味に立ち向う！